Jöklar þekja 11% Íslands og meginviðfangsefni Jöklarannsóknafélagsins eru ýmiskonar rannsóknir á jöklunum og uppbygging aðstöðu á og við jöklana. Félagið vinnur einkum að þessum markmiðum sínum með því að skapa aðstöðu og leggja til starfskrafta og farartæki til jöklarannsókna. Uppbygging skálanna hefur þar skipt miklu máli. Rannsóknarstöðin á Grímsfjalli gegnir lykilhlutverki í vöktun eldfjalla á svæðinu og er bækistöð fyrir flesta rannsóknarleiðangra á jöklinum. Auk uppbyggingar aðstöðu hefur Jöklarannsóknafélagið einkum sinnt rannsóknum með þremur langtímaverkefnum:
1. Sporðamælingar: Mælingar á hopi og framskriði skriðjökla. Þessar mælingar hófust 1932 að undirlagi Jóns Eyþórssonar en eftir að félagið var stofnað 1950, hefur það séð um sporðamælingarnar. Nú er um 40 jökulsporðar mældir árlega og eru gögnin sem safnast hafa víðtækasta heimildin um þróun jökla á Íslandi á 20. öld.
2. Vorferðir á Vatnajökul: Reglulegar mælingaferðir á Vatnajökul hófust 1953 og hafa þær verið farnar árlega síðan, yfirleitt í byrjun júní. Í þessum ferðum hefur m.a. verið safnað viðamiklum gögnum um Vatnajökul og Grímsvötn.
3. Jökull – vísindatímarit um jökla- og jarðfræði Íslands: Útgáfa Jökuls hófst 1951 og hefur hann komið út árlega síðan. Þar hafa á birst tæplega 300 vísindagreinar og fjöldi ferðasagna og ýmislegs fróðleiks um jökla hér á landi. Jökull er eina íslenska vísindatímaritið sem flokkað er í Science Citation Index, einum virtasta gagnagrunni heims fyrir vísindatímarit.
Einnig stendur félagið fyrir ýmsum rannsóknarferðum, t.d. vegna afkomumælinga á Mýrdalsjökli.